El Departament d’Institucions Penitenciàries, en el qual es troba integrat el Cos Penitenciari, s’estructura orgànicament en dos àrees −l’Àrea Penitenciària i l’Àrea Administrativa, Tècnica i de Suport−, de les quals dimanen les unitats, els grups, les seccions o els serveis que es detallen a continuació.
A) Àrea Penitenciària
L’Àrea Penitenciària està formada per tres unitats, dividides en serveis o grups, que se subdivideixen, en alguns casos, en seccions especialitzades.
- a) Unitat de Custòdia, Execució de Penes i Mesures
a.1) Grup de Detenció i Règim Obert
i. Secció d’Intervenció Penitenciària
ii. Secció de Negociació
a.2) Grup de Control Central Operatiu
a.3) Grup d’Atenció al Públic
- b) Unitat Sanitària, de Reinserció i Menors
b.1) Grup de Reinserció i Menors
b.2) Servei d’Infermeria
b.3) Serveis Formatius, Educatius i Ocupacionals
- c) Unitat de Formació
c.1) Grup de Formadors
c.2) Grup de Tutors
B) Àrea Administrativa, Tècnica i de Suport
L’Àrea Administrativa, Tècnica i de Suport s’estructura en els serveis següents:
- a) Servei de Gestió Pressupostària
- b) Servei de Gestió Penitenciària
- c) Serveis Generals Administratius
- d) Servei de Seguretat
- e) Servei de Manteniment i Intendència