Són funcions del Comitè Director de l’AQUA:
- Aprovar el programa d’activitats, prenent com a base la consecució dels objectius i les funcions previstos en aquesta Llei.
- Establir les prioritats estratègiques.
- Aprovar el pressupost de l’Agència i fer el seguiment i la gestió del pressupost atorgat pel Consell General.
- Aprovar la memòria d’activitats anual.