L’Àrea de Cooperació Transfronterera té les funcions següents:
- a) La coordinació de la cooperació transfronterera.
- b) L’anàlisi de les polítiques europees de cooperació transfronterera.
- c) La coordinació de la representació a la CTP, al Poctefa, al SUDOE i de l’òrgan de l’OACT.
- d) Qualsevol altra competència que resulti de la normativa vigent o que li hagi estat encomanada.